La trama tiene lugar a principios del siglo XX, en una realidad donde la alquimia es real, extremadamente desarrollada y respetada. La trama presenta a los hermanos Edward y Alphonse Elric quienes, después de intentar la técnica prohibida de la transmutación humana, sufren las consecuencias. Alphonse pierde todo su cuerpo mientras Edward pierde su pierna izquierda. Luego, Edward sacrifica su brazo derecho para salvar el alma de su hermano uniéndolo a una armadura de metal. Luego se le dan prótesis mecánicas conocidas como ‘automail’ en lugar de su brazo y pierna faltantes. Tras la aceptación de los Alquimistas del Estado, se le da el sobrenombre de ‘Alquimista del metal completo’, todo mientras buscaba con Alphonse la piedra del filósofo legendario, que reparará sus cuerpos.